A economia em saúde vem, ao longo dos anos, ganhando relevância em virtude dos altos gastos da saúde pública e privada. Paralelamente a isso, vive-se o contraponto entre o aumento dos custos e gastos relacionados à assistência médico-hospitalar. Mas, como ofertar um serviço público assistencial de qualidade, com recursos escassos, reduzindo/mantendo custos, maximizando/mantendo resultados, sem, contudo, desconsiderar a busca pela eficiência e o anseio à modernização de suas estruturas física, humana e administrativa? O objetivo deste trabalho é analisar o processo de gestão de custos e estoques de medicamentos de uma unidade de saúde de Maceió/AL, tendo como unidade de estudo a Farmácia Hospitalar. Foi realizada uma pesquisa aplicada, descritiva, com abordagem qualitativa, cujo procedimento técnico foi o estudo de caso, durante os meses de Julho a Novembro de 2018. Constatou-se que as principais dificuldades referem-se à falta de integração entre os departamentos, as limitações de software de gerenciamento de estoques e custos, e principalmente, dificuldades de cunho financeiro, que impedem o relacionamento colaborativo com fornecedores e é calcado por restrições orçamentárias que prejudicam a prestação de serviços.