2 Unterarten von Chironomus thummi unterscheiden sich in ihren Speicheldrüsen-Chromosomen durch eine Anzahl unilokaler Strukturveränderungen, insbesondere den Grad der Anschwellung (Hetero-Chromatinisierung) der Kinetochor-Region. Die morphologischen Unterschiede beziehen sich in erster Linie auf Muster der Körperpigmentierung; Merkmale der Chätotaxie sind variabler. Obwohl die Unterarten im Laboratorium leicht miteinander kreuzbar sind und voll fertile F1-Bastarde liefern, ließ sich experimentell eine ausgeprägte sexuelle Isolation nachweisen. Aus den Freiland-Befunden wird auf eine verschiedene ökologische Einnischung der beiden Unterarten geschlossen.