En dehors de quelques zones précises, les sources d'archives ne permettent pas de penser qu'il existait un peuplement permanent sur le haut Jura. Ce n'est qu'à partir du XIe siècle que les textes mentionnent la présence d'ermites préfigurant la colonisation monastique du XIIe siècle, renforcée par l'implantation des seigneurs laïcs au XIIIe siècle. Les résultats palynologiques démontrent principalement qu'une grande partie des lieux défrichés à partir du XIe siècle avait été colonisée plus tôt, souvent dès le Néolithique, et que la désertification pendant le haut Moyen Age, bien que courante, n'est pas systématique.