Dem Magenschleim als biologischer Einheit kommt beim Verdauungsvorgang eine viel bedeutendere Rolle zu als nur die einer Deck- und Schutzschicht der obersten Epithellagen. Er ist mit den fermentativen Verdauungsvorgängen eng gekuppelt, hat außerdem eine Schutzwirkung für die wasserlöslichen Vitamine C, B1, B12 und gegen Peroxydasen und gewährleistet die Fe-Resorption. Durch Verdauung von Leukozyten und Zellprotoplasma wird Zellkathepsin und Zelltrypsin frei; diese Kathepsinbildung ist offenbar unabhängig von einer Kathepsinsekretion (Sekretionskathepsin). Man kann im Mageninhalt Normazider also Zellkathepsin und Sekretionskathepsin unterscheiden, wobei noch nicht sicher erwiesen ist, ob das Kathepsin nicht Pepsin mit einem doppelten Wirkungsoptimum darstellt. Bei Anaziden spielt sowohl Zelltrypsin als auch Duodenaltrypsin bei der Eiweißverdauung eine Rolle.