Isolation of specific DNA probes for detection of Cryptococcus neoformans

Abstract

Summary. We report the construction of a genomic library and isolation of repetitive DNA probes from Cr. neoformans that are species‐ and variety‐specific. The inserts of the genomic library were in a range of 0.3–1.8 kb, which were in normal distribution in length. Among 592 clones of the genomic library, there were 400(67.6%) clones inserted repetitive DNA sequence and 192(32.4%) inserted single copy DNA sequence of the Cr. neoformans genome. From the library, three specific probes were identified. Clone pCNIIA6 was serotype A‐specific, pCNIIB5 species‐specific, and pCNIIIG1 varietv‐specific (var. neoformans). On the basis of the high specificity and sensitivity of the signals observed by hybridization, we suggest that these probes provide a means for both biotyping and early diagnosis of Cr. neoformans. Zusammenfassung. Es wird über den Aufbau einer Genomdatenbank und über die Isolierung repetitiver art‐ und varietätsspezifischer DNA‐Sonden von Cryptococcus neoformans berichtet. Die eingegebenen Fragmente lagen im Bereich von 0.3–1.8 kb. Unter 592 Klonen der Genombank waren 400 (67.6%) Klonfragmente repetitiver DNA und 192 (32.4%) DNA‐Einzelkopiefragmente. Aus der Datenbank wurden 3 spezifische Sonden identifiziert. Klon pCNIIA6 war Serotyp‐A‐spezifisch, pCNIIB5 war artspezifisch, pCNIIIG1 erwies sich als varietätspezifisch var. neoformans). Im Hinblick auf die hohe Spezifität und Sensitivität der Hybridisierungssignale wird angenommen, daß diese Sonden Hilfsmittel sowohl zur Biotypisierung wie auch zur Schnelldiagnostik von Cr. neoformans eingesetzt werden können.